Aus den Fach- und Vernetzungstreffen können sich Arbeitsgruppen zu konkreten Themen oder gemeinsamen Vorhaben bilden. Wenn sich zeigt, dass mehrere Menschen an einer Fragestellung weiterarbeiten möchten, soll daraus unkompliziert eine AG entstehen können.
Das NJO unterstützt bei der Gründung, moderiert den Start und bleibt Ansprechpartner. Jede AG startet mit einem vom NJO organisierten und moderierten Kick-off-Workshop. Die weitere Arbeit soll möglichst selbstorganisiert aus der Community heraus entstehen. So können sowohl thematische als auch regionale AGs entstehen, immer dann, wenn es dafür ein konkretes gemeinsames Interesse gibt.